1. Screening Libraries
  2. DNA 编码化合物库合成与筛选

DNA 编码化合物库合成与筛选

DNA 编码化合物库(DNA Encoded compound Library,DEL)技术作为新颖、强大的苗头化合物发现引擎,可快速从几千万至数十亿分子中,遴选出结构新颖、具有潜在成药性的化合物,大大缩短药物研究周期,降低研发成本。在 DEL 库中,每一个分子砌块(Building Block)都由一段已知唯一的 DNA 序列进行标记,通过 DNA 兼容反应和组合化学模式,历经数个循环即可获得上亿 DEL 分子。数十亿化合物可以混合在一管中筛选,最终通过高通量测序技术,解码 DEL 分子的专属 DNA 标签,快速获得针对靶点的苗头化合物信息。

图1. DEL 库的构建和筛选

DNA 编码化合物库构建、合成

分子砌块是 DEL 库设计、合成的基础。基于 50000 余种高质量、结构多样的分子砌块, MCE 优中择优,剔除 DNA 嵌入剂、含 N-卤代、重金属等的“不良”化学结构,保留骨架独特、结构新颖、官能团多样、化学空间覆盖范围广的化合物。结合 MCE 自主开发的数百种 DNA 兼容性化学反应,最终构建出化学空间多样、结构新颖、包含数十亿化合物的 DEL 库。

图2. DEL 库的构建

DEL 库规格

3 个量级:

  • DEL A Kit:

    20 个 DEL 库,3 亿个 DEL 分子,1 管集合
  • DEL B Kit:

    50 个 DEL 库,10 亿个 DEL 分子,1 管集合
  • DEL A+B Kit:

    A+B 组合

2 种规格:

  • 5 nmol、20 nmol

DEL 库优点

  • 68 个 DEL 库,数十亿 DEL 分子
  • 化学结构新颖,化学空间覆盖范围广,具备类药分子特性
  • 强大的合成能力
  • 严格的质量控制、验证体系
  • 善的产品、数据管理系统
  • 紧跟研究趋势,不断更新

DHA 编码化合物库筛选

相较于传统的高通量筛选,DEL 筛选可以一次性筛选数以亿计的化合物;大大节约靶蛋白的使用量;筛选周期大大缩短;筛选成本更加低廉。DEL 库的筛选策略基本流程是将 DEL 库与靶标进行孵育后,基于小分子-蛋白质的亲和结合作用力,经过不同的洗脱方式,除去非结合小分子,实现具有高亲和力的小分子配体的高倍富集,结合 PCR 扩增与下一代测序的技术,可根据小分子的 DNA 标签实现化合物信息的解码。

图3. DNA 编码化合物的筛选策略:固相筛选

DEL 库筛选流程

  • a.蛋白固载与孵育:将待筛选的靶蛋白预先固载,随后将固载的蛋白质与 DEL 库孵育。
  • b.洗杂:洗去不与蛋白结合或结合力弱的 DEL 分子。
  • c.洗脱:将与蛋白结合的 DEL 分子洗脱,实现高亲和力小分子的富集。
  • d.PCR 扩增与蛋白结合 DEL 分子的 DNA 标签。
  • e.高通量测序与数据分析:对扩增后的 DNA 标签进行下一代测序,根据 DEL 小分子的 DNA 标签实现化合物信息的解码。

DEL 库筛选优点

  • 一站式服务:DEL 库合成与 DEL 库筛选
  • 少量蛋白样本:约 100 μg 蛋白(具体根据蛋白分子量决定)
  • 4-5 周交付结果
  • 严格的数据隐私管理
  • 专业的技术团队