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抗 2019-nCoV 药物虚拟筛选

 

 

截至 2020 年 1 月 31 日 24 时,全中国累计确诊 2019-nCoV 冠状病毒患者 11821 例。严峻的疫情牵动着国人的心,MCE 中国也始终密切关注疫情的发展,在药物筛选和疫苗研发的关键时刻,我司无偿共享虚拟筛选化合物库及 FDA 上市药物库等药筛资源,全力支持新冠病毒药物研发,助力抗 2019-nCoV 药物科研。

 

 

病毒来势汹汹

2019 年 12 月 8 日,首例新型冠状病毒在我国湖北武汉被发现,报道为不明原因肺炎;2020 年 1 月 9 日,中国卫生专家组确认为新型冠状病毒;2020 年 1 月 12 日,世界卫生组织 (WHO) 将其命名为 2019 新型冠状病毒 (2019-nCoV)。1 月以来,疫情迅速蔓延全国,甚至是国外,现确诊病例仍日以千计地上升。病毒潜伏期为 2-14 天,感染患者常见有呼吸道症状、发热、咳嗽、气促和呼吸困难等,较为严重可导致肺炎、严重急性呼吸综合征、肾衰竭,甚至死亡。2020 年 1 月 31 日,WHO 决定将此次新型冠状病毒感染的肺炎疫情确认为“国际关注的突发公共卫生事件” (PHEIC)。

科研人员已分离获得 2019-nCoV 病毒毒株,抗病毒药物的筛选以及疫苗研发刻不容缓。可喜得是,1 月 31 日新英格兰医学杂志 NEJM 报道,Remdesivir 在美国第一例  2019-nCoV 患者治疗过程中取得了突破性进展。面对疫情的迅速蔓延,我们需要迅速而强有力的“武器”,打赢这场没有硝烟的战争。

助力科研

MCE 中国始终密切关注疫情发展,于 1月 26 日开始恢复科研产品的供应,并第一时间无偿共享了我们的  虚拟筛选化合物库   FDA 上市药物库   等药筛资源。 MCE 拥有丰富的药筛资源及 15000+ 种高纯度小分子化合物 ,在这个非常时期,为践行助力科研的承诺,MCE 中国现面向广大抗病毒研究的一线科研工作者,提供相关产品的免费科研样品。全力以赴,共抗疫情!
虚拟筛选
筛选抗新冠病毒药物是重中之重,虚拟筛选则是药物筛选的一把 “利器”。虚拟筛选 (Virtual Screening, VS) 基于计算机技术,在药物发现中具有高效率、低成本等优点。已上市药物具有成药性好、安全性高等优点,我们将两者结合快速寻找能够用于治疗 2019-nCoV 新冠病毒的潜在药物。
首先,我们从上海科技大学饶子和院士课题组获取 2019 新冠病毒 3CL 水解酶晶体结构 (PDB code:6LU7),随后,对公司已有的 FDA 化合物库 ( HY-L022P, FDA-Approved Drug Library Plus ) 及临床一期以后化合物库 ( HY-L035P, Drug Repurposing Compound Library Plus ) 进行高通量计算机虚拟筛选: 对 6LU7 晶体结构进行优化,制作格点文件,输出两个化合物库的 3D 结构,采用 Glide 模块中的 HTVS 模式进行筛选,选出 FDA 化合物库打分前 250 名和临床一期以后化合物库打分前 500 名的分子,采用标准模式进行第二轮筛选,输出所有结果。
 
 
 

分析结果与已报道的科研团队筛选的结果具有一定的相似性,抗 HIV 药物沙奎那韦 (Saquinavir)、蛋白酶抑制剂卡非佐米 (Carfilzomib),以及目前实施的新冠病毒诊疗方案推荐药物洛匹那韦 (Lopinavir) 的打分值分别处于 FDA 化合物库的第三名、第五名和第七名。同时,我们还发现一些未见报道的分值较高的化合物,比如奈非那韦 (Nelfinavir)、Adaptavir 等,但是否具有作用尚需进一步的生物实验来验证。作为药物发现的辅助工具,该虚拟筛选结果我们与广大科研人员无偿共享 (该数据仅代表计算机模拟、计算的结果,未经生物实验验证,仅供参考),如需索要,请联系 tech@MedChemExpress.cn

MCE 中国将竭尽所能为疫情攻克提供支持,我们一起携手打赢这场没有硝烟的战争!
 

图 1. 代表性化合物与靶蛋白的结合模式图