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线粒体作为生命体提供能量的主要场所，对维持正常的生命活动是至关重要的。线粒体功能障碍与常见疾病息息相关，如心血管疾病、神经退行性疾病、糖尿病和癌症。心脏、大脑和肝脏严重依赖线粒体功能从而作为药物代谢的主要器官。此外，线粒体也是许多药物的靶点，一些药物通过诱导线粒体毒性从而引发器官毒性。

MCE 收录了 470 种线粒体毒性化合物，可作为新药研发，器官毒性以及疾病机制研究的工具化合物。

糖酵解是指一个葡萄糖分子分解为两个丙酮酸分子，并获得两个 ATP 的一系列代谢过程。糖酵解过程分为 10 个步骤，由一系列酶催化完成，如己糖激酶、葡萄糖-6-磷酸异构酶、磷酸果糖激酶等。体内的所有细胞都利用糖酵解来产生能量。

研究表明，大多数肿瘤细胞中都存在糖酵解增加的现象，肿瘤细胞利用糖酵解途径产生的 ATP 作为其能量供应的主要来源。这种现象被称为 Warburg 效应，被认为是肿瘤细胞恶性转化过程中最基本的代谢变化之一。由于需氧糖酵解的增加在人类癌症中特别常见，因此开发新的糖酵解抑制剂作为一类新的抗癌药物很可能具有广泛的治疗应用。

MCE 提供 689 个糖酵解相关化合物，主要靶向糖酵解过程中的一些关键酶，如 hexokinase，glucokinase，enolase，pyruvate kinase，PDHK 等，是研究糖代谢及抗肿瘤药物开发的有用工具。

病毒只有核酸和蛋白质构成，结构上要比细菌简单很多。尽管不同的病毒感染机制不完全一样，但感染的模式基本相同：首先病毒与宿主细胞表面受体结合，被吸附在细胞表面，核酸从衣壳蛋白中释放出来，透过细胞膜，进入到宿主细胞内。病毒核酸开始在宿主细胞中复制，并在宿主细胞的细胞质或细胞核中发生病毒基因组的转录。结果，大量的病毒核酸和蛋白质被合成出来产生新一代的病毒粒子。所以，抗病毒药物的一种作用机制是干扰病毒进入宿主细胞的能力。第二种作用机制是靶向病毒侵入细胞后合成病毒组分的过程，如核苷酸或核苷类似物药物。

MCE 收录了 1270 种抗病毒化合物，对多种病毒有效，包括 SARS 冠状病毒、HBV、HCV、HIV、HSV、流感病毒等，是开发抗病毒药物的有效工具。